مطابق بخش پنجم آیین نامه سازمان نظام وظیفه عمومی ناجا معافیت از سربازی به دلیل ترنس بودن مشمول ترنس ها و همجنس گرایان خواهد بود.
این بخش از آیین نامه مربوط به بیماری های اعصاب روان است که البته براساس آخرین نسخۀ طبقهبندی بیماری که از سازمان بهداشت جهانی ICD-11 منتشر شده ، ترنس بودن از لیست بیماریها و اختلالات روانی خارج شده است.
قبل از اینکه به موضوع معافیت از سربازی ترنس ها بپردازیم باید بدانیم اصلا به چه افرادی ترنس گفته می شود.
بیشتر افراد جامعه دارای رفتاری متناسب با جنس بیولوژیکی خود هستند. در این بین افرادی نیز هستند که رفتاری همچون جنس مخالف را بروز می دهد. به عبارت ساده تر یعنی اگر مرد باشند رفتار زنانه دارند و اگر زن باشند رفتار مردانه دارند. اینکه با مفاهیمی چون ترنس سکشوال شناخته می شوند، کسانی هستند که دچار حس تعارض شدید بین جنس مرد و زن بودن خود هستند.
اما همچنان افرادی هم هستند که خود را متعلق به هیچ یک از دو گروه زنان و مردان نمی دانند و هویت جنسیتی خود را غیردوگانه تعریف می کنند.
در آیین نامه جدید(مصوب 1393) همجنس گرایان مطابق بند هفتم با عنوان کژخویی هایی که مغایر با شئونات اجتماعی و نظامی است به صورت موقت(به مدت 6 ماه) برای مراجعه به مراکز درمانی نظام وظیفه معاف می شوند و در صورتی که این بیماری در فرد اثبات شود، حکم معافیت دائم را می توانند دریافت کنند.
اگر فرد در طی مدت 6 ماه بهبود پیدا کند، معاف از رزم و در صورتی که مطابق آییننامه سازمان نظام وظیفه، بیماری اثبات شود، طبق نظر نهایی شورای عالی پزشکی معاف دائم میشود.
همچنین مطابق بند دوازدهم از بخش پنجم آیین نامه مذکور ،ترنسها با عنوان «اختلال هویت جنسی TS» با ارائه گواهی پزشکی قانونی و تأیید مراکز درمانی نظام وظیفه میتوانند معافیت دائم از سربازی را به دلیل ترنس بودن دریافت کنند. اما ممکن است در آینده به دلیل داشتن کارت معافیت پزشکی (بخش اعصاب و روان) با مشکلات متعددی به ویژه در زمینه اشتغال مواجه شوند.